L’irrésistible développement du diocèse de Montréal et de l’Église canadienne-française à sa suite va se trouver compromis par le libéralisme qui s’insinue au sein même de l’épiscopat à partir de 1867.

Retraité, Mgr Bourget n’en combattit pas moins le libéralisme. La population lui montra sa vénération lorsqu’il quêta dans le diocèse pour en éviter la faillite et Dieu la récompensa par des miracles.