En une dizaine d’années de labeur incessant, Mgr Bourget a fait de son diocèse un modèle qui rayonne sur tout le pays et aux États-Unis. Il jouit de la haute considération du bienheureux pape Pie IX. Mais en 1867, l’épiscopat se divise sur l’attitude à adopter en politique. Tandis que Mgr Bourget veut toujours défendre les droits de l’Église et lutter contre le protestantisme, d’autres, derrière l’archevêque de Québec, veulent ménager le pouvoir politique. Le libéralisme s’infiltre dès lors au Canada, refusant le règne du Christ sur la société. L’affrontement prendra une telle ampleur que Mgr Bourget se trouvera dans l’obligation de démissionner en 1875.