Retraité, Mgr Bourget ne perd pas son rayonnement moral auprès des catholiques intégraux de la Province. À 81 ans, il décidera de se rendre lui-même à Rome pour expliquer au pape Léon XIII la réalité et la gravité de la division de l’Église au Canada. Pour empêcher la faillite du diocèse de Montréal il entreprendra une tournée de quête, chaque dimanche, qui lui vaudra de touchantes manifestations de la vénération de ses anciens diocésains, que Dieu récompensera par des miracles.

Il s’éteint paisiblement le 8 juin 1885.