Après l’étude expérimentale de l’homme, l’étude rationnelle définissant les natures – c’est-à-dire l’être profond qui justifie sa raison d’être – et leurs propriétés, qui expliquent l’ordonnance des phénomènes. Ainsi l’homme, qui récapitule les différents règnes, est-il un animal hautement individué par naissance, son action douée de fonctions génériques mais aussi spécifiques, pleinement spirituelles. D’où l’importance d’étudier l’origine et la fin de l’âme humaine – au sens aristotélicien –, ses facultés, pour en arriver à définir la personne humaine. Là, en regard des théories classiques absolument mutilantes et réductrices, l’abbé de Nantes met en avant l’importance capitale des relations.